Вищим органом Асоціації є її Загальні збори.
На час між Загальними зборами керівні функції належать Правлінню, що складається з 7 чоловік.
В даний час у його склад входять :
Президент АФУ
Таукешева Тетяна Дмитрівна, заступник міського голови директор департаменту бюджету і фінансів Харківської міської ради
Члени Правління АФУ
Новосельський Зіновій Марь’янович, заступник міського голови з питань фінансів – начальник управління фінансів та бюджету Тернопільської міської ради
Джуган Наталія Володимирівна, начальник фінансового управління Черкаської міської ради
Вакула Ольга Леонідівна, заступник міської голови, начальник бюджетно-фінансового управління Полтавської міської ради
Прокопець Євген Дмирович, заступник міського голови, начальник фінансового управління Черкаської міської ради
Підперигора Роман Степанович, заступник міського голови, начальник фінансового управління виконкому Хрсонської міської ради
Юрченко Маргарита Михайлівна, виконавчий директор АФУ
Почесний член Правління АФУ
Качур Павло Степанович голова Сумської ОДА
Виконавчим і розпорядницьким органом Асоціації є Виконавча дирекція.
Асоціація фінансистів України має статус неприбуткової організації.